原来，朝中先是御史中丞李定、御史舒亶、何正臣等上书言苏轼谤讪朝政，御史台检会送到所谓的“罪证”《钱塘集》后，朝廷方下诏知谏院张璪及李定着手办理此案。
朝堂上方下诏，令御史台选牒朝臣一员乘驿追摄，罢免湖州知州，一家老小驱离官斋。
右谏议大夫权御史中丞李定上书的大意为：
湖州知州苏轼，“初无学术，滥得时名。偶中异科，遂叨儒馆”。如今圣上新擢进的官员，大多与苏轼不合，所以说苏轼自度自己终不为朝廷所用，携怨怀怒，大加诋毁，还把这些个情绪形成了文字，使得世人共知。有的是燕幅之讥，有的是宝梁之比，讪上骂下，实为法所不宥。
在李定的眼里，苏轼共有四项当诛的罪过。一是苏轼当初发布一些奇谈怪论时，圣上并没有追查是想让其改过，但他屡教不改、我行我素。二是陛下已经给足了苏轼改过的机会，但是，那些大逆不道的傲悖之言，已经传播中外，造成的影响无法挽回。三是苏轼所作的文章，虽然谈不上有什么道理，但是煽动性极强，足以鼓动流俗。此人不服陛下的教化，不遵循朝廷的法度，可谓是言伪而辩，行伪而坚。四是苏轼熟读史传，难道不知道事君有礼，讪上者诛。陛下修明政事，他却因为一己之私，公然诋毁。
文末，李定很愤怒地总结道，如今正值新法推行，肇新百度，天下为之大变革之时，尚有苏轼之流虚名浮论，足以撼动众人，实在是该杀。
太子中允集贤校理权监察御史里行舒亶上书说：
苏轼的《谢上表》里，多有讥讽时事之言。流俗翕然，争相传颂；忠义之士，无不愤惋。自陛下新美法度以来，持有异论之人，自然不少。然而最多不过是作文发泄一番，或者只是阳奉阴违，坐观其变而已，至于像包藏祸心，怨望其上，讪上骂下，不具备人臣之节操者，到苏轼这里，没有人能望其项背了。
比如，陛下发青苗钱惠民，他就说“赢得儿童语音好，一年强半在城中。”。陛下明法以课试郡吏，他就说“读书万卷不读律，致君尧舜知无术。”。陛下兴修水利，他就说“东海若知明主意，应教斥卤变桑田。”。陛下严谨监禁，他就说“岂是闻韵解忘味，迩来三月食无盐。”。
舒亶还说，苏轼这些胡言乱语，无一不是以讥谤为主，小则镂板，大则刻石，传播中外，自以为能。历数历朝历代，君主们难免会有失徳之行，违道之政，而那些逆节不轨之臣，难道就可以为了证实其短而动摇人心吗？
希望陛下能体先王之义，动用治世之重典，将苏轼从重发落，以戒天下之为人臣子者。
太子中允权监察御史里行何正臣上书说：
苏轼的《湖州谢上表》里有“陛下知其愚不适时，难以追陪新进；察其老不生事，或能牧养小民。”何正臣正是抓住了《湖州谢上表》中的那段话，从中大做文章，并给苏轼扣上了一个罪名：“愚弄朝廷，妄自尊大，宣传中外，孰不叹惊。”
何正臣继续说苏轼的坏话，他说，苏轼的人品有问题，哪里有个天灾他就说是新法闹的，哪里出现了饥荒他也说是新法闹的。而且还写诗文来攻击改革的新法，他的诗文在社会上的影响力很大，他本人却还沾沾自喜。
面对御史台的李定、何正臣和舒亶等人的无端指控，苏轼究竟是怎么得罪他们了，非要把苏轼置于死地。
关于这个问题，若是从御史台的那帮人的身份来分析，就可以很容易理解了。
自从王安石不再主持变法的事务，李定、何正臣和舒亶等人就成为了变法的主要负责人，也是宋神宗推进新法的坚定支持者。而苏轼却是一个保守派人士，他站在了反对推行新法的一边，御史台担心保守一派再次卷土重来，从而威胁到自己在朝廷中的地位。
苏轼在当时的名声很大，朝廷中每次颁布一条新法，他都会召集一伙人，在背后对这条新法指指点点。因此，李定、何正臣等人之所以要拿苏轼开刀，还可以起到杀一儆百的效果。
然而，宋神宗可不是容易冲动的皇帝，他的脑子始终保持着清醒。在位十六年期间，他怀着一腔热血和政治抱负，将所有的注意力都放在了一件事情上面，那就是“实现富国强兵，摆脱北宋王朝积贫积弱的局面”。
带着这个目的，宋神宗重用了王安石，让他具体负责实施变法。尽管此时的王安石已经不在朝堂，但宋神宗依然坚持把改革之路进行到底。
宋神宗认为，要想变法成功，就必须要在一个稳定的政治环境中进行，重点是要维持政局的平衡。
所以，宋神宗一边积极推行变法，一边努力调解朝廷的政局平衡。意思就是说，若是改革一派太嚣张了，就偏向一点保守一派；若是保守一派的反对声太大，就多多支持一下改革一派。
别看御史台的李定、何正臣这些人在明面上蹦得很热闹，但他们只是国家改革舞台前台的人物，而真正在幕后操纵的人物则是宋神宗。
当收到御史台呈上来的弹劾苏轼的奏章，宋神宗陷入了一阵沉思，他也非常仰慕苏轼的才华，不忍心将苏轼杀掉。
在宋神宗的心里，他自然也希望苏轼这样有真才实学的人，能够帮助自己推行变法。但由于苏轼与当时朝廷的政治理念不相融合，宋神宗也没有办法在这场变法运动中重用苏轼。
宋神宗深知，苏轼的高调行事作风也确实影响了新法的推进，已经到了自己出面调解平衡的时候了，索性就借着逮捕苏轼的机会，打压一下保守一派。
于是，在宋神宗的授意之下，御史台立即派出以皇甫遵为首的队伍，前往湖州逮捕苏轼，并将他押解回京城。
八月十八日，苏东坡被正式投入御史台的牢狱之中。
据《汉书》，御史台院内柏树苍苍，常有乌鸦栖居其上，御史台故称为“乌台”，亦称“柏台”。“乌台诗案”由此得名。
古代时期的御史台，就相当于如今的纪委监察部，专门负责纠察百官。凡是出了问题的官员，都会有御史台负责逮捕关押。
审讯者常对苏轼通宵审问，在巨大精神压力下，他对大多数讽刺新法的指控供认不讳。
十月十五日，御史台上报了审理情况。案情报告洋洋洒洒，其中苏轼的交代材料就有数万字之多。
李定、王珪等人必欲置苏轼于死地而后快，但神宗却有些举棋不定。他本无意杀苏轼，何况太祖当年早有誓约，除叛逆谋反罪外，一概不杀大臣。他不想在自己手里开这个先例。
话说苏轼被皇甫遵押送至太湖的芦香亭下时，当晚，风涛寂静，月色如画。苏轼唯恐被定罪后连累一众好友，不如投水而去，一了百了。
当苏轼转念想到弟弟苏辙，又决心要活下去。
到了都城开封，苏轼被下到大狱中，屡遭拷问，李定等人一定要将他置于死地。
入狱不久，就有官员询问苏轼有没有可以免死的誓书铁券。按惯例，这种询问只针对死囚。对此，苏轼自忖凶多吉少，他把平时服用的一种叫青金丹的类似于安眠药的东西偷偷藏下一些，准备一旦宣布死刑，就超量服用自尽。有个名叫梁成的狱卒早就仰慕苏轼的才学和为人，每天好言安慰，苏轼认为自己必死无疑，索性写了两首绝笔诗托梁成送给苏辙，其中一首是这样写的：
圣主宽容德似春，小臣孤直自危身。
百年未了先偿债，十口无依更累人。
是处青山可藏骨，他年夜雨独伤神。
与君世世为兄弟，更结人间未了因。
宋神宗派人捉拿苏轼，并没有要求连夜抓捕归案，而李定这样的小人为了迎合皇帝的喜好，掏空心思罗织文字狱，一定要把苏轼的罪名挖得更深刻。
后来，苏轼回忆说，刚到御史台狱时，自度不能活，就想不食而死。然而，神宗皇帝派遣专使到狱中传讯，使得狱卒们不敢造次。
苏轼自度神宗皇帝无意杀他，遂苟延残喘，得以熬了过来。
十月十五日，在狱中得知太皇太后曹氏病重有赦，苏轼还作了诗为之祈祷。五天后，太皇太后升遐，苏轼忍痛作挽词二章，曹氏对苏轼有国士之知，苏轼自然是想万死以酬其恩。
苏轼被捕的消息传出，朝野震动。
苏轼的朋友多属旧党，此时多半已遭排斥，自身难保，敢怒而不敢言，然仍有一些人奋不顾身地上书营救。像已退居许昌的范镇，就不顾家人的反对，上书论救。张方平当时已退居南都，也上书朝廷希望能赦免东坡。胞弟苏辙，更是上书神宗，愿解除自己现有的官职为哥哥减罪。即使是新党中人，出于一种正义感，此时也对苏轼施以援手。如时任宰相的吴充就劝神宗宽容些，放苏轼一马。翰林学士章惇、甚至已退居金陵的王安石等，也都以圣明之世，不宜杀才学之士劝说神宗。最后太皇太后曹氏也出来替东坡求情了。
但就在众人出手解救的同时，对苏轼的审讯也一日不曾耽搁。
入狱后，台谏大搞逼供，苏轼想绝食求死，但神宗遣使到狱中关照，苏轼察觉神宗无意杀他，放弃自杀。
为早早结案定罪，台吏的审问便越来越严酷，甚至一审便审个通宵。同样是因为错案而被抓进台狱的开封府尹苏颂，与东坡的关押地仅隔一道墙。苏颂写了几首诗记叙当时的情形，其中有“遥怜北户吴兴守，诟辱通宵不忍闻”两句。“吴兴”即湖州，“吴兴守”指的就是苏轼。
逼供有之，严刑是否也有？以常理推测，虽然苏轼因作诗讽刺朝政被捕入狱，但他毕竟是一位名满天下的才士和朝廷命臣，审讯者对他有辱骂恐吓，有威逼利诱，有日夜不休的审问的摧残和折磨，但不可能对其动粗。