在上皇帝书中，不依不饶的苏轼接下来说，陛下您还很年轻（宋神宗时年二十二岁，苏轼三十五岁），有天生神智勇武，如果陛下不采取谨慎的态度而是急功近利冒进前行，就会像是驾着轻车快马，冒险夜行，那一帮人还在后面策马扬鞭，那还不是要翻车吗？（注意这句话的份量，语气重且已经极为露骨和直白了）
陛下您应该专门操持国家最重要的事，治理国家的根本，平时修养自己的身心与性情，清静无为而治，这样一来，万事万物都遵循自然、回归正道。像什么百工与朝廷各部门的些小杂事，连宰相都不屑于过问，陛下还要去过问吗？
苏轼最后说，我仁宗朝时，事情无论大小，全部按照法律办事。人不论贤愚，全部根据公议升降。而现在擢拔新人，完全根据好恶，那些被提拔起来的小人，坐席未温，就会反过来去攻击提拔自己的人。这些人聚散无时，互相攻击，遇到国家危机，定会迅速土崩瓦解，最终定会贻误朝廷的大事。一百个人聚在一起议论一件事，就不会有偏颇就会非常公正。我的陛下啊，如今天下已经众口一词，都在认为新法的不便，而陛下却要孤注一掷地去实行，微臣真不知道您要走到何种田地！
上书说了这么多，苏轼是解气了，但后面的事情发展却不是他能够左右的了。
在苏轼私底下给自己书画界的朋友、简州阳安（今四川简阳）人刘泾写的信中，苏轼自诉近来的文人学士都在业余时间谈论什么理学啦、佛学了，看似时尚其实都不值得肯定。自己先前在科场中写的文章，都是些不得已的应时性文章，但被很多人传阅，实在是惭愧至极（主要还是仰仗欧阳修等文坛大佬们的宣传之功）！近来，朝廷根据名声选拔出来的官吏，有些人虽说言谈举止与和孔孟没什么两样，而已经试用，其作为却很少不为人们所耻笑（迂腐）。其笔锋所指，明眼人一看即是指王介甫也！
熙宁三年春二月，苏轼在京城当差，弟弟苏辙也被差调入贡院，再有半个月，苏辙的工作将告一段落，就可以出来休息了。汴梁城的宜秋门内外，到处都是高槐古柳，全然就像深山老林的环境，倒很适合苏轼狂放的个性。
苏轼如今所住的南园，还是父亲留下来的产业，里面有一处小花圃。寂寞独居时，苏轼就教育并逗弄一下膝下的幼童，种植一些菜蔬，聊以遣怀。
从首次上书论奏，指斥上元节有关部门拿圣旨横行霸道、压低市价，从民间购买四千盏花灯，建议朝廷取消这一决定起，神宗皇帝立即采纳了苏轼的建议。苏轼方天真地认为圣明的神宗皇帝能虚怀若谷，充分采纳各方面的意见。
后又趁热打铁奏上了一道六千多言的奏折，意气风发地充分论证了新法的不周之处。
接着，苏轼又趁进士考试，准备好了一份《拟进士对御试策》乘机献上。这次神宗皇帝虽然没有听从，但也胸怀宽广地表扬了苏轼的正直与忠勇。起初，神宗皇帝并没有当回事，但王安石却大为光火，其同党更是咬牙切齿，开始着手争相排挤苏轼。
御史知杂（侍御史知杂事的简称）谢景温首先发难，使出浑身解数罗织罪名，终于找到理由告发苏轼，说其在父丧扶柩回乡时，用官船捎带私盐回乡贩卖渔利。于是，朝廷命令各路侦探将当时的梢工及篙手一干人等，抓来严刑拷打，寻求证据，但因实无此事而不了了之。
据传，神宗皇帝当初看到苏轼上奏的《拟进士对御试策》时，当场就把它出示给王安石征求意见。
一直带着有色眼镜的王安石看后，鄙夷地说，苏轼这人，但从才学论，有着很深的修为。但是，此人所学的东西来路不正，尽是些欺世盗名之学！此次又是因自己不得志的原因，言语中已经跌宕失态到如此地步，请圣上将其罢黜了事。
当时在场的曾公亮插话道，我觉得苏轼只是持有不同的言论，并没有可以加罪的地方。
过了一段时间，王安石又怂恿神宗说，陛下何不将苏轼罢黜出朝廷，难道是因为怜惜他的才学吗？譬如我们要调教一匹恶马，首先须减少它的草料，再多加鞭笞（减刍秣，加捶扑），使其服服帖帖后才能为我所用。就像苏轼这厮，不加以磨练其心性，压灭他的浮躁之心，怎能为陛下所用。这种人，其才学能为世所用者甚少，而为害世道者甚大，陛下不可不察啊！
随着时间的推移，苏轼在朝廷中的影响还真就变得越来越微妙了。
邵武（今福建省南平市属县级市）人叶祖洽（字敦礼），在殿试后神宗令当时的变法二号人物、宰相陈升之把的关，被赐予进士及第第一，当时任编排官的苏轼与苏辙、刘攽等人上书反对，认为叶祖洽不仅学识粗浅，议论不当，而且策论的卷子中还有“祖宗以来至于今，纪纲法度因循苟简而不举者，诚为不少”等语，实有轻率和对祖宗不尊之举。苏轼的意思是将叶祖洽罢黜，如若不然，像这种靠着诋毁祖宗以献媚时君的小人，一旦擢为进士及第第一，何以正风化。
遗憾的是，这次神宗对于苏轼的上奏并不认可。
相反，对于此次科场的进士胡璞（字器之），此人博学工诗，曾经在路过采石渡时题诗凭吊诗仙李太白。
采石渡，也即采石矶，又名牛渚矶，是中国长江中游南岸的一个港口，位于今安徽省马鞍山市的长江南岸。采石矶为长江沿岸三矶之一(另两矶分别为燕子矶和城陵矶)，历来为江南名胜，古往今来，吸引着许多文人名士，像白居易、王安石、苏东坡、陆游、文天祥、陈运和等都曾来此题诗咏唱，特别是唐代大诗人李白在这里饮酒赋诗，相传最后因酒醉赴水中捉月而淹死，更增添了神秘的色彩。
胡璞的题诗为一七绝：
抗议金蛮反见仇，
一杯蝉退此江头。
当时醉弄波间月，
今作寒江万里流。
苏轼初见此诗，惊为唐人所作，玩味不已。从苏轼对待叶祖洽与胡璞的态度上，就可以看出苏轼的喜好与文人心底特有的那种纯真。
还有一位叫顿起的举子，作为编排官的苏轼苏大人见到小顿的策论中用语憨直、不避世俗，尤为欣赏。顿起虽然出自吕惠卿的门下，而独守故学，对于王安石、吕惠卿之流订立的新学敬而远之。因此，在其后的一次洛阳城里考试举子之后，同弟弟苏辙一同邀上小顿去登了嵩山，还饶有兴致地登到了山顶。
是科进士中，还有一位无锡籍人士叫陈敏（字伯修）的，尤为王安石所嘉许，称其堪大用，被除以太学正。这是个正九品官，隶属于国子监，职责是辅佐博士施行教典、学规，凡是违犯学规者，以五等处罚予以处理，并将学生守纪律、治经学、考试成绩等情况上报博士。奇怪的是，此人也与苏轼交游来往，私交甚厚。
后来的陈伯修同志出守台州期间，朝廷下令全国范围内都要树立元祐党籍碑（上有苏轼等人不行新法的党人名单），伯修坚辞不从，其下属就偷偷立之。待伯修知道后，怒而碎其石，“挂冠而去”，从此自号濯缨居士，年八十一岁而终。由此可知，这种人与苏轼相厚，原来是冥冥之中的水到渠成、物以类聚啊！
这年三月间，武穆王钱镠五世孙钱藻（字醇老）以尚书司封郎秘阁校理出守婺州（今浙江省金华市）。此人曾进士及第，又中贤良方正科，曾经当过知制诰，加枢密直学士知开封府，后改翰林侍读学士，除审官东院。老钱为人“清谨寡过，为治简静，人称长者”，以明经进士制策入等，入馆阁，编校书籍，其文章学问有过人之处，放在天子身旁在合适不过了。但他因不奉新法而是自愿前去治理一州，最终竟选择去了穷山恶水的婺州。
按照宋时的官场惯例，馆阁人士补放外任，同舍之人皆会饯送一下的。在送别的酒席上，按当时惯例是先向老钱索要一首诗作，就像今人索要名片一样（尽管背过身就会扔进垃圾堆里）。不过，要是在场的尽是文人雅士，可能要例外了。因为当时流行以主人的一首小诗的每一个字为韵，每人都要重新作一首送行的诗。这与当今的KTV里一样，大家都尽情地释放一下自我。
年长苏轼十五岁的老钱做了一首七绝，苏轼分得一个“英”字为韵，本来这是一群文人们在一起玩的一种文字游戏，但苏轼却在日后因该诗而得祸。
原因是苏轼在诗中借孙醇老的求出外郡，讥讽了当朝的许多投机钻营的急进者。另外，还借此揭露了青苗及助役等新法实施以来，百姓输纳不前，官吏们用皮鞭捶打。老百姓只能在醉酒时诉诉苦，一旦酒醒还会后怕不已，唯恐得罪朝廷，“临分敢不尽，醉语醒还惊”。
暮春时节，正当苏轼在与诸位同仁诗词唱和之际，弟弟苏辙打起背包要去赴陈州（今河南淮阳）教授任了。
四月初七，苏轼给二堂兄苏不疑回了信。因为前些时，二堂兄通过驿站给苏轼寄书，告知老家的各位亲属都身体康健，让苏轼安心在京城公干。苏轼在回信时告诉二堂哥，自己的家眷，还有陈州那边苏辙的家眷都很好，不必挂念。
接着，苏轼又向堂哥抱怨道，近来的朝廷上下，凡是不配合青苗法推行工作的官员，都要被收拾，就连前任的宰辅也不能幸免。自己要是请求外任到地方上任职，必定要不折不扣地带头去推行新法，但依自己的个性定然不会屈就，到时候肯定会被朝廷整治得死无葬身之地的。
因此，苏轼对堂哥倾诉说，现在自己还没有下决心请求外任，姑且在京城的闲职衙门里等等看，先悠闲自得地先消磨一段时光再说吧！